Pues lo explica el Artículo 53 del Reglamento Notarial:

“Los documentos autorizados por el Notario sustituto se incorporarán al Protocolo o Libro-Registro del Notario sustituido, excepto en los casos de vacante y de la habilitación prevista por el artículo 121 de este Reglamento, en los términos que resultan del mismo.

El protocolo y el Libro-Registro del Notario sustituido no se trasladarán a la Notaría del sustituto, salvo que éste residiere en distinta población, en cuyo supuesto podrá trasladarlos al domicilio de su Notaría, para su mejor custodia, previa autorización de la Junta Directiva del respectivo Colegio.

Tratándose de sustitución por Notaría vacante, si el sustituto residiere en la misma población, deberá conservar el Protocolo y el Libro-Registro del sustituido, en su propia Notaría o en otro lugar adecuado, cuando así lo autorice con carácter previo la Junta Directiva. Si residiere en población distinta, el Protocolo y el Libro Registro deberán permanecer en lugar adecuado de la población en que estuviere demarcada, sin perjuicio de poder trasladarlos a su Notaría o a otro lugar adecuado, con la finalidad y previa la autorización a que se refiere el párrafo anterior”.

No he querido despedazar el artículo para que se pueda leer entero, pero lo que ha de tenerse en cuenta que si yo soy el Notario de Talsitio y el Notario de Talotro se marcha a otra notaría y me corresponde a mi sustituir por vacante la Notaría de Talotro, yo iré a firmar a Talotro y las escrituras que allí firme tendrán el número de protocolo que les corresponda en la secuencia que yo siga en Talsitio (mi notaría) de manera que si hoy jueves firmo el 823 aquí y mañana voy a Talotro, firmaré el 824 allí y constará firmado allí por mi como sustituto por vacante y se archivará en mi notaría y no en la notaría sustituida (en Talotro), de manera que usted que firmó la escritura, si necesita una copia en el futuro tendrá que venir a Talsitio a conseguirla pues aquí estará archivada bajo mi custodia o bajo la del compañero que venga cuando yo me vaya.

En resumen las escrituras que firme en su pueblo estando vacante su notaría, se irán a la notaría del pueblo a quien corresponda hacer la sustitución.

Hasta otra. Un abrazo. Justito El Notario. @justitonotario